پایگاه مرکز اسناد انقلاب اسلامی؛ در تاریخ اسلام، مسجد همواره نقش مهم و راهبردی در جامعه اسلامی داشته است. تاریخ معاصر هم نشان از نقش مهم مساجد در مبارزات ضد استبدادی و استعماری می‌دهد. در نهضت امام خمینی نیز مساجد همواره نقش مهم و تأثیرگذاری در سامان دادن به مبارزات انقلابیون داشتند. به طوری که از مساجد به عنوان یکی از مهم‌ترین پایگاه‌های انقلاب یاد می‌شود. رژیم پهلوی که متوجه نقش اساسی مساجد در پیشبرد و گسترش نهضت بود، سعی داشت با روش‌های متعددی از جمله: تعطیل کردن مساجد، دستگیری مبارزان، گماردن مأموران محسوس و نامحسوس در مساجد، برکناری متولیان مساجد و انتصاب متولیان معتمد رژیم و ممنوع‌المنبر کردن وعاظ و... از نقش مساجد در نهضت جلوگیری کند. به عنوان نمونه مسجد ارک تهران یکی از مساجدی بود که به دلیل روشنگری‌های حجت‌الاسلام فلسفی حساسیت رژیم را برانگیخته بود به طوری که رژیم برای کنترل مسجد درصدد ترور حجت‌الاسلام فلسفی برآمد.
این ترور هرچند نافرجام ماند، اما بهانه‌ای شد تا مسجد تعطیل شود. گزارش ساواک در این باره در همان حال که نشان می‌دهد تعطیل شدن مسجد ارک به بهانه «مراجعه‌ی چند نفر به منزل فلسفی واعظ و کتک‌کاری نوکر وی» صورت گرفته است، نشان از این نیز دارد که مردم و روحانیون از نقشه‌های رژیم پهلوی آگاه بوده‌اند و سوءنیت رژیم را در بستن مساجد می‌دانستند. در همین گزارش آمده است: «چند نفر از روحانیون ضمن صحبت خصوصی اظهار می‌داشتند که منظور دولت از برچیدن روضه‌خوانی مساجد یکی بعد از دیگری برای این است که بساط روضه‌خوانی را از بین برده و بر تعداد بهائی‌های کشور بیفزاید».
دستگیری انقلابیون فعال که مسجد را پایگاه مبارزه کرده بودند از دیگر روش‌های ساواک برای کنترل مساجد بود. بولتن ویژه و سرّی ساواک مورخه‌ی نهم اردیبهشت 1346 با شماره‌ی 5162/63/601 و با عنوان «دستگیری 12 نفر از متعصبین مذهبی طرفدار خمینی» گواه این مدعاست. این بولتن که در شش برگ تهیه شده است، از دو جنبه‌ی کاملاً متفاوت قابل بررسی است. این گزارش محرمانه از طرفی نشان می‌دهد که چگونه مأموران ساواک به ردیابی، تعقیب، دستگیری و در نهایت «تأدیب» ـ که انواع مجازات‌ها و محرومیت‌ها را شامل می‌شد ـ طرفداران امام خمینی (ره) می‌پرداختند؛ و از طرف دیگر گویای این واقعیت انکارناپذیر است که مسجد پایگاه مبارزات علنی و غیرعلنی علیه رژیم پهلوی بود.
در این بولتن گزارش شده است: «گروهی از جوانان متعصب مذهبی طرفدار خمینی با تشکیل جلساتی در پوشش مذهب، ضمن تفسیر وقایع سیاسی روز، تصمیماتی در زمینه‌ی تحریک افکار عمومی علیه وضع موجود کشور، تخطئه‌ی اقدامات اصلاحی دولت و تشویق مردم به تبعیت از روحانیون مخالف به‌ویژه خمینی اتخاذ نموده[اند] تا در صورت توفیق، به مرحله‌ی اجرا درآورند».
اهداف این گروه از مبارزان را بر اساس این گزارش می‌توان در سه بخش دسته‌بندی کرد: هدف اول این گروه که جلسات هفتگی خود را «در بعضی از مساجد تهران از جمله مسجد جامع و مسجد موسی بن جعفر» برگزار می‌کرد و با شیخ غلامحسین جعفری ـ پیشنماز مسجد جامع ـ و احتمالاً با آیت‌الله میلانی در مشهد ارتباط داشت، تحلیل وضع موجود و آگاهی‌بخشی به مردم بود که در این بولتن با عنوان «تحریک افکار عمومی علیه وضع موجود کشور» از آن یاد شده است. هدف دوم آن بررسی و نشان دادن ماهیت اقدامات اصلاحی دولت به مردم بود که در بولتن مزبور «تخطئه‌ی اقدامات اصلاحی دولت» عنوان شده است و هدف سوم گروه که هدف اصلی آن نیز بود، تشویق مردم به تبعیت از روحانیون در مبارزه با رژیم و تلاش برای بازگرداندن امام خمینی به کشور به عنوان رهبر اصلی مبارزه بود. در همین بولتن به برخی از فعالیت‌های این گروه در جاهای مختلف اشاره شده است.
ساواک برای جلوگیری از این نوع فعالیت‌ها و تلاش برای پیدا کردن آنها به سرعت دست به کار شده و تمامی اعضای گروه را دستگیر و همچنان‌که گفته شد تأدیب می‌کرد. گزارش مفصل ساواک درباره‌ی این گروه حاکی است: «نظر به اینکه ادامه‌ی فعالیت این گروه به مصلحت نبود، لذا در تاریخ 1/2/46 ابتدا هفت نفر از اعضای این گروه دستگیر [شدند] و ضمن تحقیقات معموله، پنج نفر دیگر که اقدامات خلاف مصالح عالیه‌ی کشور نموده بودند، بازداشت [شدند]». اسامی و مشخصات اعضای این گروه که دستگیر شده بودند، در برگه‌ی آخر بولتن مذکور درج شده بود.
اعزام نیروهای محسوس و نامحسوس به مساجد از دیگر روش‌های ساواک برای کنترل فعالیت‌های انقلابی در مساجد بود. نیروهای سری و نامحسوسی که به مساجد اعزام می‌شدند و در ظاهر به‌عنوان فرد عادی در مساجد شرکت می‌کردند و علاوه بر اینکه وظیفه‌ی تهیه‌ی گزارش از فعالیت‌های انجام‌شده را داشتند، موظف بودند در بین سخنان «تحریک‌کننده» و «مضره»، به روش‌های گوناگون از جمله صلوات فرستادن، نظم جلسه را به هم بزنند و مانع از ایراد سخنرانی‌ها شوند.
علاوه بر این در مواقعی که احتمال برپایی تظاهرات پس از مراسم سخنرانی، عزاداری یا دعا و یا هر مراسم دیگری می‌رفت، رژیم یا مسجد برگزارکننده‌ی مراسم را می‌بست و یا نیروهای امنیتی و انتظامی را به محل اعزام می‌کرد تا فضا را کنترل کند. در نمونه بسیار عجیبی از اعزام نیرو به مساجد، اداره کل سوم ساواک به مدیریت کل اداره چهارم ساواک دستور می‌دهد: «به منظور خنثی‌کردن تحریکات و فعالیت‌های مضره احتمالی عناصر منحرف و آشوبگر و جلوگیری از هرگونه آشوبگری در مسجد ارک در مراسم ترحیم یکی از وابستگان به جبهه‌ی ملی، تعداد یک صد نفر چترباز و گارد با آموزش لازم و به‌طور طبیعی به محل اعزام و نتیجه را به این اداره کل گزارش نماید».
همچنین مکاتبات شهربانی اصفهان و فرماندهی مرکز توپخانه‌ی این شهر نشان می‌دهد در عاشورای سال 1343، نیروهای انتظامی اصفهان برای جلوگیری از برگزاری مراسم عاشورا در مسجد سید این شهر، علاوه بر نیروهای شهربانی، از یازده نفر از افسران مرکز توپخانه کمک گرفته‌اند. این مکاتبات همچنین نشان می‌دهد که افسران مذکور مورد تشویق قرار گرفته‌اند.
اعمال نفوذ و دخالت در مدیریت مساجد و انتصاب متولیان آنها از دیگر اقدامات رژیم پهلوی در به تحت کنترل درآوردن مساجد و جلوگیری از فعالیت‌های مبارزان مذهبی علیه رژیم بود. عوامل رژیم پس از تعطیل کردن مساجد ارک، هدایت، الجواد و حسینیه ارشاد، درصدد خلع ید از متولیان و مدیران و هیئت امنای مساجد هدایت و الجواد و حسینیه‌ی ارشاد برآمدند. بستن مساجدی چون هدایت و الجواد و حسینیه‌ی ارشاد که با فعالیت‌های فرهنگی‌شان به تبلیغ علیه رژیم می‌پرداختند، به‌قدری برای رژیم اهمیت داشت که مسئله‌ی آنها مستقیماً با شاه در میان گذاشته می‌شد. در این مورد شهربانی کل کشور با سازمان اوقاف مکاتبه می‌کند که در بخشی از آن چنین آمده است:
«از چندی قبل به این طرف حسینیه‌ی ارشاد و مساجد هدایت و الجواد به مرکز فعالیت عناصر مخرب تبدیل [شده‌اند] و عناصری که دارای سابقه‌ی فعالیت مضره علیه امنیت بوده[اند] و به وفاداری آنها نسبت به مصالح ملی تردید است، از سه مرکز مذکور به منظور تبلیغ علیه منافع ملی و تحریک مردم استفاده می‌نمایند و متأسفانه متولیان، پیش‌نمازان و مسئولین این مراکز که خود نیز بعضاً دارای سوابق مضره می‌باشند، اقدام مؤثری در زمینه‌ی پاک کردن محیط‌های مذکور از عناصر ناصالح به عمل نمی‌آورند».
در بخش پایانی این نامه، مسئولان شهربانی در خصوص پیشنهاد خود به شاه می‌گویند: «به طریق مقتضی در مورد برکناری متولیان و مسئولین این مراکز اقدام و افراد واجد شرایطی به جای آنها گمارده شوند». محمدرضا پهلوی پیشنهاد مذکور را قبول کرد و اجرای این طرح از سوی شهربانی کل کشور به عهده‌ی سازمان اوقاف گذارده شد. اجرای این طرح از سوی اوقاف، مستلزم تعطیلی این مراکز برای مدتی و توجیه مسئولان آنها برای همکاری با سازمان اوقاف بود. برای تهیه‌ی این مقدمات، کمیته‌ی مشترک ضد خرابکاری وارد عمل شد و سرهنگ خدیوزاد را برای نظارت مستقیم «بر فعالیت‌ها و هرگونه فعل و انفعالات مساجد هدایت، الجواد و حسینیه‌ی ارشاد» گمارد. در این زمینه کمیته‌ی مشترک ضد خرابکاری به ریاست پلیس تهران گزارش داد:
«از فعالیت مساجد هدایت و الجواد و حسینیه‌ی ارشاد که اقدامات آنها مخالف مصالح کشور بود جلوگیری به عمل آمد تا با مذاکره با مسئولین مساجد و حسینیه‌ی مزبور اقدامات آنها در آینده با مصالح کشور هماهنگی داشته باشد. علی‌هذا نظر به اینکه با توافق‌هایی که با واقفین و هیئت مؤسس مساجد و حسینیه‌ی موصوف به عمل آمده [است] از این به بعد کلیه‌ی مسائل مربوط به این سه مؤسسه‌ی مذهبی زیر نظر مستقیم سازمان اوقاف خواهد بود و سرکار سرهنگ خدیوزاد به نمایندگی از طرف سازمان اوقاف بر فعالیت‌ها و هرگونه فعل و انفعالات مساجد هدایت و الجواد و حسینیه‌ی ارشاد نظارت مستقیم خواهد داشت».
بدین‌ترتیب مقدمات واگذاری مالکیت و مدیریت مراکز مذکور به سازمان اوقاف فراهم آمد. سازمان اوقاف در کمتر از یک ماه طرح‌هایی را آماده کرد، با متولیان این مراکز مذاکره نمود و به بهترین وجه وظیفه‌ی خود را به انجام رساند.
